Java 是 Sun 开发的跨平台语言，Java 编译出的程序运行在与平台无关的虚拟机 JVM 上，只要在各个操作系统之上实现了虚拟机，Java 就可以在其上运行。因为这一特性， Java 成为跨平台网络开发的首选语言。
这一点，显然是微软最不愿意看到的。微软希望所有的软件都只能在它的 Windows 操作系统中运行，这样就可以牢牢拴住用户，即使生产 Vista 这样的垃圾系统也能赚钱。所以，微软自己也发布一个所谓的“扩展” Java 虚拟机，但是这个 Java 版本只能用在微软自己的系统之上，不能用在其它平台，只能用于 IE 浏览器，无法用于其它浏览器。微软希望通过特意的设计，逐步消减 Java 的跨平台特征。
Sun 并没有束手就擒，面对这种卑劣的手段，只好于 1997 年提起诉讼，认为微软利用自己的垄断地位，破环 Java 的设计原则：
“Microsoft feared and sought to impede the development of network effects that cross-platform technology like Netscape Navigator and Java might enjoy and use to challenge Microsoft’s monopoly. Another internal Microsoft document indicates that the plan was not simply to blunt Java/browser cross-platform momentum, but to destroy the cross-platform threat entirely, with the ‘Strategic Objective’ described as to ‘Kill cross-platform Java by grow(ing) the polluted Java market.’”
微软败诉，只得放弃自己的 Java。并通过退出 .NET 来抗衡 Java。.NET 和 Java 都是中间层，但是和 Java 不同，.NET 并不提供跨操作系统的虚拟机，而是提供与语言关的环境。在 .NET 之上，可以使用 VB，VC 和 C# 进行开发，结果会编译成中间语言，实现与语言无关的特性。总体来说，.NET 还是十分出色的一个开发环境，具有许多优秀的功能。其最重要的目的，就是与 Java 在争抢网络开发上的地盘。
Mono 是 Linux 下的 .NET 开发工具，目的是使 Windows 下的程序更容易移植到 Linux，开发人员更快开始 Linux 下的开发。MonoDevelop 很好用，而且开发出了一些优秀的程序，例如 Beagle, Tomboy, Banshee 和 F-Spot 等。但是由于 Mono 和 .NET 的关系，很多人都害怕微软又会出什么招数，或者利用专利手段一下釜底抽薪，导致所有基于 Mono 的程序陷入困境。正如 Richard Stallman 所说：基于自由软件开发 C# 实现是值得鼓励的一件事，但是把 Gnome，把许多优秀的桌面程序建立在 C# 之上是一件危险的事情。
但是有一个公司并不用担心这个事情，那就是 Novell。因为 Novell 与微软达成的协议，即使 Mono 侵犯了微软的版权，微软也不会起诉这公司。这也就是 Mono 的开发者 de Icaza 受雇于 Novell，而且 Novell 大力支持 Mono 开发的原因。
也许有一天，微软会认识到开源是大势所趋，自由软件是软件这一生产形势的必然要求。但是在获得微软的完全授权之前，Mono 的命运总是不靠谱的。
2016-5 update
故事和预想的类似，微软最终将 Mono 纳入自己的手中。我们应该高兴，微软在这么多年中，终于有所改变，开始了很多开源的项目。
但是，还是那句话，任何严肃的开源开发者，都不应该将自己的工作建立在一个不稳固的基础之上。